ピエール瀧になりたい

備忘録として

2016-07-01から1ヶ月間の記事一覧

iTolの使い方

最近やたら論文にかっちょいい系統樹載ってるなぁと思うと大体iTolで書かれてることが多いと思うのですが、あんまりわかりやすい解説がないので試行錯誤の内容をメモっていく。目標はこんなやつ書くこと ・登録が必要 ・挙動はブラウザに依存するっぽい(僕の…

Rでサンプル数の違う二群を一つのファイルとして無理矢理読み込む

setwd ("hogehoge") #入力は以下のような感じ #A+ 0.2 0.5 0.2 0.7 0.9 #A- 0.5 0.6 0.1 0.5 0.6 1.2 3.0 0.8 #B+ 0.2 0.5 0.2 0.7 0.9 #B- 0.5 0.6 0.1 0.5 0.6 1.2 3.0 0.8 dat1<-read.delim("hugahuga.tsv", sep="\t", stringsAsFactors=FALSE, header=FA…

BioPythonで系統樹を書いてNewick出力

タイトルの通り。 MegaよりもSeaViewよりも軽いし落ちない。 #!/usr/bin/env python #coding: UTF-8 #よく使うモジュールは何も考えずに書く import sys import re import os import glob import copy import commands from bisect import bisect from Bio i…