今日まではpythonスクリプトをqsubで投げる時わざわざ.shファイルを作るようなつまらない人生を送ってきましたが、以下のコマンドで済むことを知ってQOL(クオリティ・オブ・ライフ)が一気に上がりました。 qsub -cwd -S $(which python) hogehoge.py

個人的な評価を1.0~10.0で 映画 ゾンビ・クエスト 7.5 オランダのゾンビ映画。ショーンオブザデッド、ゾンビランド系の非低予算エンタメゾンビ映画としてはなかなかの出来。でもちょっと演出の振り切れてなさみたいなのは若干あったかな。 グランド・ブタペ…

環境は遺伝研スパコン。 LPM: Local Package Managerにパッケージが上がっていたので試してみた。 hdf5は一発で通るのにblasrは通らない。 --- iblasr/BlasrHeaders.h:22:23: 致命的エラー: libconfig.h: そのようなファイルやディレクトリはありません --- …

一昨年の冬、自転車が盗まれた。 夕方にラボから戻って、家でちょっと準備してから夕飯の買い物に行こう、というその１０数分の間鍵をかけずアパートの駐輪場に置いておいたところを盗まれたのだ。 ママチャリではあったが買ったばっかりだったのでそれなり…

1.0~10.0で書いているのは評価ではなく好みですね 見た順に列挙していきます なんかエドガー・ライトばっかり見てた気がする あと前回書いてからそんなに経ってないのにもう何見たかかなり忘れている DVDなど 5.0 ワールズ・エンド 酔っ払いが世界を救う 「…

Bioinformatics for DNA Sequence Analysis - Springer この資料に、mafftのオプションを決める際の指針が記述してあった。 例えば、MSAに多くのinternalなギャップが入ることが予想される場合は-einsi オプション、terminalな領域にのみギャップが入ること…

評価は1.0~10.0で 見た順に列挙していきます 劇場 10.0 マッドマックス 怒りのデスロード 最高。半数の人にとって人生最高の映画となり、半数の人にとって人生最低の映画となるような、それぐらい振り切った作品。マッドマックス2は見てたんだけど全くの別物…

Bayes法による微生物のたんぱく質のアミノ酸配列に対しての系統解析手法。 この方がいいという意見あれば教えて下さい。 なんとなく想定してるのは数百オーダーのアミノ酸配列の系統解析をする場合。 ①MSA(multiple sequence alignment)データの前処理 最初…

Ancestral reconstruction - PLoSWiki 祖先配列再構築には大きくmarginal reconstruction と joint reconstructionがある。 marginal reconstructionはその名の通り、それぞれのノードにおいて*周辺確率を最大化する手法。 つまり、与えられた樹形の元で、あ…

MrBayesで出力された図形をapeで描画してやろうと思ったのだが、どうにもうまくいかない。 hogehoge.nex.con.treファイルを読み込んでも、事後確率(というか各ノードの情報)を上手く読み込んでくれないのだ。 アノテーション付きのnexファイルを読み込めるラ…