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ピエール瀧になりたい

備忘録として

MacにBiopythonをインストール(python3)

jupyter notebookが最高なのでpythonを3系統に移行しています。 python3でのBiopythonのインストールをしたのでメモ。 何パターンか試しましたが、結果としてpip3使うのが一番楽でした curl -O http://python-distribute.org/distribute_setup.py sudo pytho…

2016年総括

年の瀬に今年一年を振り返っておこう。・趣味とにかくポケモンにハマった一年だった。完全にポケモンGOの影響。 ポケモンスタンプラリーも行ったしサンムーンも買ったしポケモンカードも嗜んだ。 生まれて初めてミュウツーの逆襲を見て、引くくらい泣いた。…

今年読んだ一番好きな論文2016

多くの人々はじめまして。@Yohei__Kです。駄ブログへようこそ。 現在博士後期課程で海洋微生物の研究をしつつ、生命情報若手の会のスタッフをやったり、ポケモン(サン)をやったり、ポケモン(GO)をやったりしています。MTGとボードゲームと音楽関係は最近全然…

iTolの使い方

最近やたら論文にかっちょいい系統樹載ってるなぁと思うと大体iTolで書かれてることが多いと思うのですが、あんまりわかりやすい解説がないので試行錯誤の内容をメモっていく。目標はこんなやつ書くこと ・登録が必要 ・挙動はブラウザに依存するっぽい(僕の…

Rでサンプル数の違う二群を一つのファイルとして無理矢理読み込む

setwd ("hogehoge") #入力は以下のような感じ #A+ 0.2 0.5 0.2 0.7 0.9 #A- 0.5 0.6 0.1 0.5 0.6 1.2 3.0 0.8 #B+ 0.2 0.5 0.2 0.7 0.9 #B- 0.5 0.6 0.1 0.5 0.6 1.2 3.0 0.8 dat1<-read.delim("hugahuga.tsv", sep="\t", stringsAsFactors=FALSE, header=FA…

表題の通り。フォルダ直下の"*.txt"ファイルを全て"01.fasta"みたいな名前に付け替えて、付け替えた名前のリストを出力。シェルスクリプト基本使わないんだけどこれぐらいのことならググらずにちょろっとかけた方がいいな。 i=0; for F in *.txt; do i=$((i+…

BioPythonで系統樹を書いてNewick出力

タイトルの通り。 MegaよりもSeaViewよりも軽いし落ちない。 #!/usr/bin/env python #coding: UTF-8 #よく使うモジュールは何も考えずに書く import sys import re import os import glob import copy import commands from bisect import bisect from Bio i…

nt、env_ntデータベースから相同性ベースで配列を取り出す

ある遺伝子ホモログについて、代表配列20個程度がある状態がスタート。 この配列をnt、env_ntデータベースに投げてヒットした領域をmulti fastaとして取り出したい。そんなのしょっちゅうやってるよと思ったが意外とめんどくさかった。 なんでかというとファ…

統計の勉強-共分散

統計の問題集をちまちま解いているのですが共分散の所でちょっと詰まった。 問題としては独立な二つの正規分布(norm1, norm2)があり、それらの分散は何れも1。 このとき、norm1と(norm1+norm2)/√2の共分散を求めよ、という感じ。 回答みても直感的に理解で…

今日一番の気付き

今日まではpythonスクリプトをqsubで投げる時わざわざ.shファイルを作るようなつまらない人生を送ってきましたが、以下のコマンドで済むことを知ってQOL(クオリティ・オブ・ライフ)が一気に上がりました。 qsub -cwd -S $(which python) hogehoge.py

最近見た色々

個人的な評価を1.0~10.0で 映画 ゾンビ・クエスト 7.5 オランダのゾンビ映画。ショーンオブザデッド、ゾンビランド系の非低予算エンタメゾンビ映画としてはなかなかの出来。でもちょっと演出の振り切れてなさみたいなのは若干あったかな。 グランド・ブタペ…

blasrのインストールに再挑戦

環境は遺伝研スパコン。 LPM: Local Package Managerにパッケージが上がっていたので試してみた。 hdf5は一発で通るのにblasrは通らない。 --- iblasr/BlasrHeaders.h:22:23: 致命的エラー: libconfig.h: そのようなファイルやディレクトリはありません --- …

盗まれた自転車が戻ってきた話

一昨年の冬、自転車が盗まれた。 夕方にラボから戻って、家でちょっと準備してから夕飯の買い物に行こう、というその10数分の間鍵をかけずアパートの駐輪場に置いておいたところを盗まれたのだ。 ママチャリではあったが買ったばっかりだったのでそれなり…

最近観た映画

1.0~10.0で書いているのは評価ではなく好みですね 見た順に列挙していきます なんかエドガー・ライトばっかり見てた気がする あと前回書いてからそんなに経ってないのにもう何見たかかなり忘れている DVDなど 5.0 ワールズ・エンド 酔っ払いが世界を救う 「…

mafftのオプション

Bioinformatics for DNA Sequence Analysis - Springer この資料に、mafftのオプションを決める際の指針が記述してあった。 例えば、MSAに多くのinternalなギャップが入ることが予想される場合は-einsi オプション、terminalな領域にのみギャップが入ること…

最近見た映画

評価は1.0~10.0で 見た順に列挙していきます 劇場 10.0 マッドマックス 怒りのデスロード 最高。半数の人にとって人生最高の映画となり、半数の人にとって人生最低の映画となるような、それぐらい振り切った作品。マッドマックス2は見てたんだけど全くの別物…

系統解析のワークフロー(MrBayes)

Bayes法による微生物のたんぱく質のアミノ酸配列に対しての系統解析手法。 この方がいいという意見あれば教えて下さい。 なんとなく想定してるのは数百オーダーのアミノ酸配列の系統解析をする場合。 ①MSA(multiple sequence alignment)データの前処理 最初…

祖先配列再構築-marginal reconstruction と joint reconstruction

Ancestral reconstruction - PLoSWiki 祖先配列再構築には大きくmarginal reconstruction と joint reconstructionがある。 marginal reconstructionはその名の通り、それぞれのノードにおいて*周辺確率を最大化する手法。 つまり、与えられた樹形の元で、あ…

MrBayesで出力された樹形をapeで描画する

MrBayesで出力された図形をapeで描画してやろうと思ったのだが、どうにもうまくいかない。 hogehoge.nex.con.treファイルを読み込んでも、事後確率(というか各ノードの情報)を上手く読み込んでくれないのだ。 アノテーション付きのnexファイルを読み込めるラ…