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ピエール瀧になりたい

備忘録として

iTolの使い方

最近やたら論文にかっちょいい系統樹載ってるなぁと思うと大体iTolで書かれてることが多いと思うのですが、あんまりわかりやすい解説がないので試行錯誤の内容をメモっていく。

目標はこんなやつ書くこと

http://itol.embl.de/img/help/binary.png


・登録が必要
・挙動はブラウザに依存するっぽい(僕の環境ではSafariだといけてFirefoxはダメだった)
・データセットファイルのテンプレートはhelpページからダウンロードできる
・データセットの追加には+ボタンをクリック
・データセットのテンプレートの意味を理解するのがめんどい
・phylotoastにiTolのデータセットを作るスクリプトがある(iTol.py)

Welcome to PhyloToAST documentation! — PhyloToAST 1.3.0 documentation
  -しかしインストールがむずい
  -phylotoastを使うにはbiom-formatが必要
・biom-formatのインストールでも若干詰まる

これだとエラーが出る

pip install biom-format

これだとなぜかいけた

pip install https://pypi.python.org/packages/source/b/biom-format/biom-format-1.3.1.tar.gz

・しかしiTol.pyの入力ファイルの形式(biom-format)の理解がやたら面倒そうなことにここで気づく
スクリプト使わず自分でテンプレートを書き直した方が早い

以下Binaryのテンプレートに自分なりのコメントを残しておく

#おまじない
DATASET_BINARY
#区切り文字。好み
SEPARATOR TAB
#legendの設定 どうせあとでイラレで付けるから適当
DATASET_LABEL	label1
COLOR	#ff0000

#それぞれのカラムをどんな記号にするか
#1: rectangle 
#2: circle
#3: star
#4: right pointing triangle
#5: left pointing triangle
#6: check mark

FIELD_SHAPES	1	2	3	4

#カラムの名前の設定
FIELD_LABELS	f1	f2	f3	f4

#カラムの色の設定
FIELD_COLORS	#ff0000	#00ff00	#ffff00	#0000ff

#これ以外の設定はwebのインターフェイス上で変えられるらしいからとりあえずはいいや

#それぞれのカラムについて、0:open symbol 1:closed symbol -1: nothing
DATA
01	1	0	-1	0
02	1	0	-1	0
03	1	0	-1	0
04	1	0	-1	0
05	1	0	-1	0
06	1	0	-1	0
07	1	0	-1	0