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ピエール瀧になりたい

備忘録として

BioPythonで系統樹を書いてNewick出力

タイトルの通り。
MegaよりもSeaViewよりも軽いし落ちない。

#!/usr/bin/env python
#coding: UTF-8

#よく使うモジュールは何も考えずに書く

import sys 
import re
import os
import glob
import copy
import commands
from bisect import bisect
from Bio import SeqIO
import urllib2
import datetime
import matplotlib
from Bio import Phylo
from Bio.Phylo import NewickIO
from Bio import Entrez
argvs = sys.argv  # コマンドライン引数を格納したリストの取得
argc = len(argvs) # 引数の個数

#name = argvs[1]

from Bio.Phylo.TreeConstruction import DistanceCalculator
from Bio import AlignIO
aln = AlignIO.read('hogehoge.fasta', 'fasta')
#print aln
#SingleLetterAlphabet() alignment with 5 rows and 13 columns
calculator = DistanceCalculator('identity')
dm = calculator.get_distance(aln)
from Bio.Phylo.TreeConstruction import DistanceCalculator, DistanceTreeConstructor
constructor = DistanceTreeConstructor(calculator, 'nj')
tree = constructor.build_tree(aln)
print tree
Phylo.write(tree, 'hugahuga.tre', 'newick')