blasrのインストールに再挑戦

環境は遺伝研スパコン。

LPM: Local Package Managerにパッケージが上がっていたので試してみた。

hdf5は一発で通るのにblasrは通らない。

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iblasr/BlasrHeaders.h:22:23: 致命的エラー: libconfig.h: そのようなファイルやディレクトリはありません

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致命的エラー。そうですか。

仕方ないのでblasrに必要なpbcoreを自力で入れようと試みる。

cd pbcore

python setup.py install

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The installation directory you specified (via --install-dir, --prefix, or

the distutils default setting) was:

    /usr/local/lib/python2.7/site-packages/

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デフォルトではpythonのsite-packagesに入れることになってるのか？やり直し。

python setup.py install  --prefix /home/***

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running install

Checking .pth file support in /home/***/lib/python2.7/site-packages/

error: can't create or remove files in install directory

The following error occurred while trying to add or remove files in the

installation directory:

    [Errno 2] No such file or directory: '/home/***/lib/python2.7/site-packages/test-easy-install-35953.pth'

The installation directory you specified (via --install-dir, --prefix, orthe distutils default setting) was:

    /home/***/lib/python2.7/site-packages/

This directory does not currently exist.  Please create it and try again, or choose a different installation directory (using the -d or --install-dir option).

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なんかsite-packagesに入れたがってるっぽい。

ローカルにpython2.7を落としてsite-packageを指定してやり直し。

export PYTHONPATH=/home/***/lib/python2.7/site-packages/

python setup.py install --prefix /home/***

通りそうな雰囲気を出しつつも、

ImportError: No module named Cython.Build

で止まる。えぇー

とりあえずお手上げ。