blasrのインストールに再挑戦
環境は遺伝研スパコン。
LPM: Local Package Managerにパッケージが上がっていたので試してみた。
hdf5は一発で通るのにblasrは通らない。
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iblasr/BlasrHeaders.h:22:23: 致命的エラー: libconfig.h: そのようなファイルやディレクトリはありません
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致命的エラー。そうですか。
仕方ないのでblasrに必要なpbcoreを自力で入れようと試みる。
cd pbcore
python setup.py install
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The installation directory you specified (via --install-dir, --prefix, or
the distutils default setting) was:
/usr/local/lib/python2.7/site-packages/
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デフォルトではpythonのsite-packagesに入れることになってるのか?やり直し。
python setup.py install --prefix /home/***
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running install
Checking .pth file support in /home/***/lib/python2.7/site-packages/
error: can't create or remove files in install directory
The following error occurred while trying to add or remove files in the
installation directory:
[Errno 2] No such file or directory: '/home/***/lib/python2.7/site-packages/test-easy-install-35953.pth'
The installation directory you specified (via --install-dir, --prefix, orthe distutils default setting) was:
/home/***/lib/python2.7/site-packages/
This directory does not currently exist. Please create it and try again, or choose a different installation directory (using the -d or --install-dir option).
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なんかsite-packagesに入れたがってるっぽい。
ローカルにpython2.7を落としてsite-packageを指定してやり直し。
export PYTHONPATH=/home/***/lib/python2.7/site-packages/
python setup.py install --prefix /home/***
通りそうな雰囲気を出しつつも、
ImportError: No module named Cython.Build
で止まる。えぇー
とりあえずお手上げ。