ピエール瀧になりたい

備忘録として

2015-07-31から1日間の記事一覧

系統解析のワークフロー(MrBayes)

Bayes法による微生物のたんぱく質のアミノ酸配列に対しての系統解析手法。 この方がいいという意見あれば教えて下さい。 なんとなく想定してるのは数百オーダーのアミノ酸配列の系統解析をする場合。 ①MSA(multiple sequence alignment)データの前処理 最初…

祖先配列再構築-marginal reconstruction と joint reconstruction

Ancestral reconstruction - PLoSWiki 祖先配列再構築には大きくmarginal reconstruction と joint reconstructionがある。 marginal reconstructionはその名の通り、それぞれのノードにおいて*周辺確率を最大化する手法。 つまり、与えられた樹形の元で、あ…